标志的上半部分为“孔”字的变形。
“孔”字左边的偏旁又像是阿拉伯数字“3”，代表孔府、孔庙、孔林三孔。
“孔”字右边的偏旁又像是孔子英文名称Confucius的首字母“C”，寓意三孔世界文化遗产所蕴藏的儒家文化内涵不断被发掘、在世界范围内知名度和美誉度不断提升、景区质量高度发展。
标志整体像是孔圣人的“圣”字的繁体，也像是大成殿的建筑外形，恢弘古朴、气象万千。
标志将“孔”、“圣”、“孔府、孔庙、孔林”“大成殿”等多个元素巧妙的融为一体，大气磅礴，气度非凡。代表了三孔丰厚的历史底蕴，寓意着中国孔庙保护协会与时俱进，不断开拓发展的宏伟气魄。
